农业合作社的免税发票如何抵扣
法律主观：
合作社开具的免税发票可以抵扣。增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和13%或11%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
法律客观：《农业部对十二届全国人大五次会议第7868号建议的答复》第二条
在增值税方面，对农业生产者销售的自产农业产品免征增值税；对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税。在企业所得税方面，对企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，包括农林产品种植业、养殖业、远洋捕捞、农产品初加工等农、林、牧、渔服务业项目的所得免税；对企业从事花卉、茶等饮料、香料作物的种植、海水养殖、内陆养殖等项目的所得，减半征税。在印花税方面，对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同免征印花税。
我公司取得了农产品自产自销的免税普通发票，能否扣除进项税？
法律分析：对于购进免税苗木发票抵扣进项税额,主要是以下两点: 1、农业生产者是税务登记户,销售时应向购买方开具苗木销售发票.纳税人向已办理税务登记的农业生产者购买苗木取得农业生产者开具的普通发票时,最好在备注栏内或具体苗木名称后注明"农业生产者自产",避免抵扣进项税额时产生不必要的麻烦; 2、农业生产者是农民个人,销售时购买方应向农民个人开具苗木收购发票,或去税务机关代开销售发票,备注农业生产者自产
法律依据：《中华人民共和国会计法》 第十四条 会计凭证包括原始凭证和记帐凭证。办理本法第十条所列的经济业务事项，必须填制或者取得原始凭证并及时送交会计机构。会计机构、会计人员必须按照国家统一的会计制度的规定对原始凭证进行审核，对不真实、不合法的原始凭证有权不予接受，并向单位负责人报告；对记载不准确、不完整的原始凭证予以退回，并要求按照国家统一的会计制度的规定更正、补充。原始凭证记载的各项内容均不得涂改；原始凭证有错误的，应当由出具单位重开或者更正，更正处应当加盖出具单位印章。原始凭证金额有错误的，应当由出具单位重开，不得在原始凭证上更正。记帐凭证应当根据经过审核的原始凭证及有关资料编制。
1.从一般纳税人购进农产品,按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额,从销项税额中抵扣；2.进口农产品,按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额,从销项税额中抵扣；3.从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的,以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额；4.取得农产品销售发票的,以农产品销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额；5.开具农产品收购发票的,以农产品收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额；6.农产品进项税额核定扣除,按照法律依据：《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》(财税〔2012〕38号)等文件规定,纳税人购进农产品,不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额,而是根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况,按照一定扣除标准,核定出当期农产品可抵扣的进项税额；7.加计扣除.营业税改征增值税试点期间,纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变.《增值税暂行条例》第八条，纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。下列进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
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